在明代，继承唐宋传统的寺庙壁画仍是壁画的主要表现形式，较之前代，明代的壁画显得更为规范化和世俗化，也显示出不同宗教和不同教派之间的融合。这一时期的壁画遗存尚多，分布于北京、河北、山西、四川、云南、西藏、青海等地。其代表为完成于1444年的北京郊区的法海寺大雄宝殿中的壁画《帝释梵天图》，在性格描绘上颇具匠心，画法亦沿用唐宋遗法，沥粉贴金，风格精密富丽。这幅壁画的作者是工部营缮所的画士官宛福清、王恕及画士，在一定程度上也显现了宫廷画风的特点。民间画工所作的壁画的代表作为河北石家庄毗卢寺后殿壁画，内容为元代以来流行的“水陆画”，佛、道、儒三教混而为一。位于云南、青海等多民族聚居区的佛寺壁画，题材往往具有显密合一的特点，画法则融合了汉藏两族的艺术风格。代表作品有云南丽江白沙、束河的大宝积宫与大觉宫的壁画、青海西宁塔尔寺壁画等。

清代寺庙壁画与宫廷壁画中，最引人注目的是有关现实重大题材的描绘以及民间小说与文学名著的表现。西藏布达拉宫灵塔殿东的集会大殿内，画有《五世达赖见顺治图》，记载了五世达赖率领3000人的使团进京朝见顺治的史实，以连环画的手法成功处理了众多的人物和丰富的活动，堪称清代壁画的杰作。此外，山西定襄关帝庙壁画取材于《三国演义》中的故事，北京故宫长春宫回廊上的《红楼梦》壁画则参以西洋画法描绘了这部千古名作里的部分情节。